La Universidad cruceña se instaló formalmente en 1880 y se designó al primer Rector: el Obispo Juan José Valdivia y al primer Secretario General: el Dr. Felipe Leonor Ribera. A partir de ese momento se inició un nuevo ciclo en la educación cruceña. Se abrió la carrera de medicina, de teología y de derecho.
Medicina tuvo una existencia muy corta. El Estado Central no otorgaba los recursos necesarios para la formación de los nuevos médicos y en 1892, debió cerrarse y postergar los deseos de quienes se habían comprometido con la salud del pueblo. Los doce años de funcionamiento de la carrera de medicina fueron muy fructíferos, ya que el aporte de los nuevos médicos fue muy importante para el crecimiento del Hospital San Juan de Dios, único en la ciudad. Teología fue una carrera que hasta 1925, seguía abierta, pero los pocos alumnos llevaron a que se cierre, sin embargo la Carrera de Derecho se mantuvo abierta desde los inicios, permitiendo la formación de los jóvenes conocedores de la ley.
Hasta 1898, la Universidad se llamó Universidad de Santa Cruz, en ese año el gobierno le otorgó el nombre de Universidad Santo Tomás de Aquino y en 1911, se la bautizó con el nombre del genio literario cruceño Gabriel René Moreno, nombre que se mantiene hasta nuestros días.
Los primeros años de existencia de la Universidad Cruceña no fueron fáciles, el gobierno se empeñaba en reducirles su escaso presupuesto y posteriormente en cerrarla. En 1905 intentó cerrarla frente al argumento de fortalecer las otras tres universidades del país. La lucha de los parlamentarios cruceños y el pueblo en general no permitió que esto suceda. En 1930 el gobierno logró que la Universidad cruceña dependa de la de Sucre, casa de estudios superiores, y en 1936 la cerró definitivamente. Este fué un golpe muy duro para la juventud cruceña, que apoyada por el pueblo logró que el presidente Germán Busch restableciera la Universidad un 24 de septiembre de 1938 con plena autonomía.
La reapertura de la Universidad coincidió con el inicio del desarrollo cruceño, y a partir de ese momento la Universidad está directamente relacionada con el crecimiento económico de la región. En 1938 la carrera de Derecho tenía 232 estudiantes, en 1939 se abrió la Facultad de Comercio (hoy Ciencias Económicas) con 311 estudiantes, y la Escuela Práctica de Agricultura y Ganadería (Facultad de Ciencias Agrícolas en 1970) con 62 estudiantes. En 1940 se abrió la Facultad de Medicina Veterinaria con 118 estudiantes, en 1944 la Escuela Superior de Bellas Artes con 128 estudiantes. De esta manera la Universidad creció, se construyó el edificio Central en la acera oeste de la Plaza 24 de septiembre, donde funcionaban algunas facultades y el Campus de Palermo, entre el primero y tercer anillo de la ciudad. Se construyó también el Teatro Universitario, hoy Paraninfo.
Siguiendo la vanguardia de la ciencia y la tecnología, en 1973 la Universidad cruceña abrió el Canal de Televisión Universitaria, por primera vez en Santa Cruz se conocía la televisión. Fuimos pioneros en la comunicación, aunque demoramos en ofrecer formalmente la carrera, pero formamos en la práctica a la mayoría de las caras famosas y con experiencia de la televisión actual, además de ser un canal libre de expresión autónoma.
Una vez restablecida la autonomía, la universidad se expandió hacia las provincias, abriendo institutos técnicos, agrícolas y ganaderos en Cordillera, Vallegrande, Velasco, Ñuflo de Chávez. La universidad creó también los institutos populares de capacitación media/superior, llegando a los puntos más alejados del departamento y permitiendo la formación de miles de estudiantes. Pionera, como siempre, la Universidad, en 1990 creó la escuela de Post Grado y así permitir la especialización de los graduados. Dos nuevas facultades se abrieron en 1992, la de Humanidades y la de Ciencias de la Salud Humana y en 1998 la Facultad de Ciencias del Hábitat.
Hoy, despues de 123 años somos conscientes que los desafíos son mayores, que la tarea que nos queda es muy dura y difícil, que el siglo XXI nos obliga a mejorar, a intentar seguir el avance de la ciencia. Estamos seguros que lo lograremos con la voluntad de todos los que formamos la comunidad universitaria, basándonos en los principios de autonomía y la gratuidad de la universidad pública.
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